五代后周显德五年(958),寺遭火毁。宋太祖开宝六年(937)修复。大山祥符元年(1008),阿育王寺被朝廷定名为“阿育王山广利禅寺”,拓为十方禅刹。熙宁元年(1068),大觉怀琏禅师出任第五任主持。三年(1070),怀琏筑宸奎阁,珍藏宋仁宗御笔偈颂、御书53轴和团扇3柄,英宗手诏1道,文人苏轼为之撰《宸奎阁记》,并手书碑文。在怀琏主持下,阿育王寺一时人才聚积,“法席鼎盛,名播天下”,出现了前所未有的中兴景象。
    南宋建炎年间(1127——1130),迎舍利塔至宫中,宋高宗赐“佛顶光明之塔”匾。绍兴二十六年(1156),宗杲受诏住持阿育王寺,“四方学徒,川奔涛涌”(宋濂《阿育王山广利禅寺铭》)。时育王寺内僧众及外来法者逾6000人,人多食乏,宗杲在传至佛照禅师德光,油市田4000余亩,名为“吉祥庄”。淳熙元年(1174)孝宗遣天使李裕文请舍利入禁中供奉,住持从廓护送。孝宗三番瞻仰舍利,御书“妙胜之殿”额,封从廓为“妙智禅师”,并赐钱万缗。淳熙间(1174——1189),明州郡守赵恺“以金造成一塔,奉安宝塔于其中”(赵恺《供舍利金塔记》)。嘉定年间(1208—1224),定“禅院五山十刹”,阿育王寺被列为“五山”之第五山,与径山寺、灵隐寺、净慈寺、天童寺齐名。南宋末,阿育王寺又遭火灾,舍利塔附安别院(即古育王)。
    元世祖至元间(1264——1294),顽极、如珙住持阿育王寺,僧伽来依法轮者摩肩接踵,人满为患。于是,如珙大建堂宇,以解决信徒住宿之忧;并购得余氏海涂田1000余亩,名“广利庄”。至正二年(1342),悟光住持阿育王寺,收回被豪家所占的庄田、园林,修筑祖堂、法堂、蒙堂、廓庑等,并用朝廷所赐白银建承恩阁,翰林侍学讲士黄溍为之撰《承恩阁碑记》。
    明洪武十五年(1382),朱元璋赐名“阿育王禅寺”,列为天下禅宗五山之第五山。神宗万历间(1537——1620),慈圣太后赐藏舍利之铜塔。时住持传瓶与僧众同心协力,修茸殿宇,坚立山门,重建舍利塔殿、廓庑、禅堂、僧室白余间,名刹风貌得到恢复。
    清康熙元年(1662),寺毁于火。康熙十九年(1680),僧人法钟重修。乾隆(1736—1795)中期,住持畹荃获赐紫袈裟、龙缎袍、宫绸彩缎、御茶、东莞香、紫当、绣袋等物及御书《心经》1卷、《大悲陀罗尼经》1函与“觉行俱圆”匾额。光绪年间(1875——1908),阿育王寺修建普同塔院、养心堂、云水堂、灵菊轩、方丈室、天王殿等房屋90余间,并疏通阿褥达池,筑围墙,栽松柏竹梅。宣统三年(1911),又重修大殿,使阿育王寺的建筑得到完善。
  民国元年至五年(1912——1916),住持宗亮先后重修大悲阁、禅堂等,舍利殿、藏经楼全部覆以琉璃瓦。民国十九年(1930)天王殿不慎失火被焚。民国二十一年(1932),住持源巃重修之。
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